Podstawową jednostką organizacyjną Liceum Ogólnokształcącego we Wrześni jest oddział. Liczba uczniów w oddziale powinna wynosić maksymalnie 34.

Organizacja pracy Szkoły dla trzyletniego cyklu kształcenia:

1. Szkolny plan nauczania decyduje o nauczanych przedmiotach wiodących, językach obcych i dodatkowych obowiązkowych zajęciach edukacyjnych.

2. Zajęcia w ramach kształcenia ogólnego, stanowiące realizację podstawy programowej kształcenia ogólnego ustalonej dla trzyletniego liceum ogólnokształcącego, obowiązkowe dla wszystkich uczniów oraz przedmioty wiodące realizowane są w oddziałach.

3. Nauczanie języków obcych realizowane jest w oddziałach i grupach międzyoddziałowych.

   1. I język - przygotowanie do obowiązkowego egzaminu maturalnego

   2. II język - obejmujący podstawę programową.

4. Dodatkowe obowiązkowe zajęcia edukacyjne i zajęcia pozalekcyjne realizowane są w grupach międzyoddziałowych.

5. Zasady wyboru przedmiotów wiodących i języków obcych określa regulamin rekrutacji