Wewnętrznymi komórkami organizacyjnymi Starostwa są wydziały, biura, zespoły i stanowiska samodzielne jedno lub wieloosobowe.
Wydziały, biura, zespoły i stanowiska samodzielne, każdy w zakresie określonym w Regulaminie Organizacyjnym Starostwa Powiatowego we Wrześni, zgodnie z treścią uchwały nr 156/2024 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 12 grudnia 2024 r., podejmują działania i prowadzą sprawy związane z realizacją zadań powiatu.
Wydziałami kierują naczelnicy zapewniając właściwe ich funkcjonowanie.
Strukturę organizacyjną Starostwa przedstawia schemat organizacyjny, będący załącznikiem do Regulaminu Organizacyjnego Starostwa.