Szczegółową organizację i zasady funkcjonowania PCPR we Wrześni określa Regulamin Organizacyjny Powiatowego Centrum Pomocy Rodzinie we Wrześni wprowadzony Uchwałą nr 1999/2024 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 27.02.2024 r. w sprawie uchwalenia Regulaminu Organizacyjnego Powiatowego Centrum Pomocy Rodzinie we Wrześni zmieniony Uchwałą nr 2067/2024 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 30.04.2024 r.
Pracą PCPR zarządza Dyrektor, a w czasie jego nieobecności Zastępca Dyrektora. W przypadku nieobecności Dyrektora oraz jego Zastępcy – osoba upoważniona przez Dyrektora
W Powiatowym Centrum Pomocy Rodzinie funkcjonują następujące komórki organizacyjne: